Den Evangelisk Lutherske Frikirke har en synodal struktur.

Synoden er kirkesamfunnets høyeste myndighet. Den består av representanter for samtlige menigheter. Hvert tredje år samles synoden til synodemøte, som er Frikirkens generalforsamling. Synoden har ansvar for fellesarbeid og vedtar lover og regler for kirkesamfunnet.

Synodestyret leder kirkesamfunnet. Det har sju medlemmer som velges av det ordinære synodemøtet. Formannen velges blant kirkens ordinerte. Nestformannen og ett styremedlem velges blant forstanderne, de øvrige styremedlemmene blant de eldste. Det velges to varamenn for forstanderne og tre varamenn for de eldste. Valgene gjelder for tre år.

Synoderådet er synodens læreorgan. Det behandler læresaker oversendt av synoden eller synodestyret. Synoderådet består av synodestyret og representanter fra hvert presbyterium (se nedenfor) valgt i henhold til reglement. Synodeformannen leder synoderådet og innkaller dette etter behov og minst én gang hver synodeperiode.

Tilsynsområder: Frikirken er delt inn i fire tilsynsområder (presbyterier). På vegne av presbyteriestyrene utøver tilsynsmennene tilsyn med menighetene i det respektive tilsynsområde.

Menighetsmøtet er menighetens øverste beslutningsorgan og avgjør blant annet valg av pastor.

Eldsterådet er menighetens styre og utøver ansvaret for forkynnelse, sakramentforvaltning og sjelesorg, planlegging av menighetens virksomhet og har tilsyn med virkegrenene og godkjenner ledere. Eldsterådets myndighetsområde begrenses av de saker som avgjøres i diakonråd, menighetsråd og menighetsmøte.